宋教仁遇刺后，在上海方面组织特别法庭对宋教仁刺杀案进行审理的时候，却又遇到相当的困难！
首先是凶手武士英已经无缘无故的暴卒；二是要犯洪述祖已经逃到青岛的德国租界，无从捉拿；三是涉案的国务总理赵秉钧称病躲进医院，对于上海方面要他出庭的要求，赵秉钧只管拿出医生的诊断报告，虽然发出过几次电报为自己辩驳，但就是拒不到庭
孙中山正在日本，他在得知消息后立刻于3月25日返回国内，随即在上海的黄兴寓所召开会议，以讨论下一步的对策。
孙中山在得知案件过程后极为悲愤，他在会上极力主张起兵讨袁，几乎把去年与袁世凯相谈甚欢的事情忘了个一干二净。但是，参与会议的国民党高干们，大多不赞成孙中山要动武的意见。特别是二号领袖黄兴，他认为目前案件的审理对国民党一方有利，应该先考虑法律解决，不到最后一步不应该轻谈战事。
孙中山听后极为生气，他在心眼底已经认定袁世凯毫无救药，必然要搞专制复辟；与其等他露出狐狸尾巴，倒不如现在就动手。孙中山声称只要现在给我两师的兵力，我就亲自率领向袁世凯问罪。
但问题是，当时国民党连两个师的军队也没有。不过话说回来，就算有两个师的兵力，恐怕也像黄兴说的那样，敌不过袁世凯那些训练有素的北洋军。孙中山没有和他们交过手，黄兴可是知道他们厉害的。
事实上，当时宋案尚未完全厘清，即使国民党人有一千个理由怀疑袁世凯，但也不宜直接认定袁世凯就是幕后元凶，兴兵讨袁未免有“地方反抗中央”之嫌。因此，当孙中山要求对袁世凯动武的电报发出去后，国民党的三个实力派都督，江西都督李烈钧、安徽都督柏文蔚、广东都督胡汉民，都立刻回电表示绝无实力独立。
孙中山当时还有一个办法，那就是去日本争取援助，但他大概忘记了，在南北会谈前，他也曾在欧美、日本各国转了一圈，结果没有讨得一文钱，两手空空而回。那些列强虽然戴着文明帽，但都是些唯利是图的势利眼，在袁世凯没有当上总统的时候尚且不肯押宝到孙中山身上，如今袁世凯已经当上了大总统，他们怎么会再去支持孙中山呢？
而在善后大借款后，有了钱的袁世凯就干脆撕下脸皮，他非但不理睬国民党籍议员的抗议，反气势汹汹的斥责孙中山、黄兴等国民党人说道：
“我现在算是看透了。孙文这些人左也是捣乱，右也是捣乱，除了捣乱，他们就没有别的本领了。你听听，孙文说什么‘公今日舍辞职外，决无他策’，还说什‘必以前次反对君主之决心，反对公之一人，义无反顾’，他妈的，孙文还想下定决心跟老子干呢！你们可以告诉国民党人，我袁世凯就不能听人捣乱，他孙文若敢动枪动炮，或另行组织政府，我就发兵征伐，而绝无姑息养奸之余地”。
总统府秘书长梁士诒有些担心：“大总统，这样太直接了吧？”
袁世凯气呼呼的答道：“就说是我说的，我对这话负责！”
另外，为了缓解南方国民党要求内阁总理赵秉钧出庭的压力，袁世凯又派人在直隶制造了所谓的“血光团刺杀案”作为反击。当时有个自称“女子暗杀团团长”的女子向北京地方检察厅自首，自称奉了“血光团团长”黄兴的命令来北京搞暗杀，而北京军政执法处在第二天又以“血光团团员”的名义逮捕了参议院议员谢持，于是乎，各大报纸热炒“血光团”，仿佛前清雍正皇帝的“血滴子”一般可怕。由此，北京地方检察厅便趁势栽赃，反过来发传票要求黄兴到案对质，这也使得宋案更加的扑朔迷离、更具戏剧性了。不仅如此，袁世凯随后又下令撤销黄兴陆军上将的军衔，并要悬赏捉拿黄兴、陈其美这些“********事情闹到这步田地，双方惟有兵戎相见了！
6月9日，袁世凯先下手为强，下令免除李烈钧的江西都督职务，任命黎元洪兼署江西都督；14日，又将广东都督胡汉民免职；30日，安徽都督柏文蔚也被免职。如此一来，国民党籍的三位都督都被袁世凯以“不称职”、“不孚众望”的名义罢免，当然，根本原因还在于“不服从中央”！
至此，南方的国民党人也只能丢掉了和平幻想并起而应战。江西都督李烈钧，本是江西武宁人，家道殷实，年少便任侠仗义，后由江西武备学堂选送到日本士官学校留学，在日本期间秘密加入了同盟会。李烈钧在回国后先后在江西、云南的新军中任职，武昌起义后担任江西都督，时年不过三十一岁，可谓是少年得志。
李烈钧被袁世凯免职后，他并没有立即举兵讨袁，而是先通电下野，并于6月15日离开南昌前往上海。到上海后，李烈钧分别见到了孙中山、黄兴、陈其美等人，他们在反复会商后认为袁世凯难以感化，现在的办法也只有举兵反抗，或许还有一线生机。
7月7日，李烈钧从上海返回江西后秘密召集旧部，并于7月12日占领湖口炮台。次日，李烈钧成立江西讨袁军并发布讨袁檄文，宣布江西独立。