西南纷扰不定，关外也发生了变化，先是黑龙江，然后是吉林。黑龙江的督军兼省长毕桂芳，原是旗人，后来改入直隶籍，是个外交人员出身，曾担任清国驻俄公使馆随员。
毕桂芳两大特色，一是怕太太，唯太座之命是从；一是万事不打理，绰号“毕不管”。他虽然万事不管，可是他有官运，官运亨通，一步一步爬到了黑龙江省长地位。袁世凯去世时，黑龙江将军朱庆澜被军务帮办逐走，段祺瑞便以省长毕桂芳兼署督军。
6年6月，督军团纷纷独立时，黑龙江军务督办许兰洲也宣布独立，他不是对中央，而是对毕督军。毕桂芳向他进行商谈，愿以省长相让而留任督军。许的意思也想要督军，以讨价还价，结果许愿任省长兼师长，但又听说毕调兵自卫，马上翻脸，限毕24小时内离省。段内阁对毕、许之争本无所谓，亦无心袒毕，但他不欢喜犯上作乱，所以电召许入京一谈。许回电说：“黑龙江有两个宗社党徒，是毕桂芳和巴英额，职须留此扑灭匪类”。
毕桂芳发表寒电下野，推许代理，段祺瑞并不接受毕的推举，6年7月26日，发表鲍贵卿为黑龙江督军，命许仍回帮办原任。许赶走了毕桂芳，自己却登不上督军宝座。
鲍贵卿是安徽人，和段祺瑞同乡，又是奉天督军张作霖的亲家，从此黑龙江便成为“奉天王国”的属地了。
10月18日，北京政府调任吉林督军孟恩远为诚威将军，调察哈尔都统田中玉为吉林督军，以张敬尧继田中玉为察哈尔都统。孟恩远字曙村，天津人，小站练兵入伍，1904年任吉林巡防军管带，民国2年逐走吉林都督陈昭常，取得吉林省军政大权。督军团闹事时，他因年龄最长而被推为领衔人，大家尊呼他为孟大哥。他也和毕不管差不多，会写一个“虎”字，督署的事，内事交给女婿陆承武，外事交给外甥高士傧，高是督署参谋长。孟大哥的调动，是和张作霖有关的，据说张作霖检举孟在复辟时期曾接受吉林巡抚伪职。事实上张作霖这时已是关外王了，自不愿意吉林有这位老大哥在卧榻之傍。
孟恩远早听到一些风声，曾派秘书戴艺篑到北京冯国璋处打听虚实，冯说没有这回事，劝孟不要听谣言。可是不久谣言成了事实，孟接到命令后大为光火，便打电报质问内阁调动的理由，限三日内答复，否则吉林便宣布自主。
段祺瑞正全力对付南方，所以希望东三省不要出麻烦，他打算提升张作霖为东三省巡阅使，由他处理吉林督军，升任第29师师长吴俊升为黑龙江督军。
东北战争一触即发祺瑞向湖南用兵时，冯、段之间的分裂表面化了。冯国璋不同于黎元洪的是他在北洋军系中有地位，有兵权，还有长江三督为后盾。
冯国璋的第一道本钱是江苏督军李纯，冯国璋做了总统后，曾表示尊重责任内阁制，对于段用人行政和决策的决定都不干涉，段祺瑞对冯国璋在态度上也比对黎元洪时好得多。可是他们是两个实力派，冯国璋颇有心机，段祺瑞则刚愎自用，冯国璋当然不愿意做一个和黎元洪一样的受气总统，段祺瑞则决不肯放弃半点权力，因此两人的争执，一样尖锐化。
争执的第一遭，是军权，这也是历来总统、总理间的争执焦点。冯就任不久，就想恢复“大元帅陆海军统率办事处”，段当然不肯同意。段在国务院设立了“参陆办公处”，以取代袁世凯时代的“统率办事处”。
冯要过问全国大事，不愿做有名无实、像个泥塑的大总统，段在这一方面总算让了步，自6年10月8日起，每天派一位官员向总统报告政情。
可是，总统、总理之争，不是表面的，或是一件事情上让一点步就可以和缓，于是权力之争使这两位北洋巨头，裂痕愈来愈大......
北京方面钩心斗角，广州方面也乱了起来！
在广州军政府成立后，孙中山曾令邓耀为广东招抚局长。12月4日，孙中山饬令邓耀停止招抚，所有该局派出人员悉数撤回。为扩充军政府军队，孙中山还派出专员到粤省各县征募民军。
11月12日前，就已派出30余名专员到各处招兵。规定带枪士兵来投奔的每月军饷15元，未带枪来投奔的每月军饷10元，此时已花招兵费5000元。
桂系对此甚为忌恨。陆荣廷在11月20日与胡汉民晤商时，对此强烈反对，要求军政府停止招兵，已招者予以遣散。11月23日，孙中山颁布停招民军令：“所有各属民军，除潮梅外一律停止，以待后命。”
11月28日，军政府组织的讨伐潮汕镇守使莫擎宇叛军的潮梅军第一支队司令金国治，被桂系将领沈鸿英诱杀，部队被缴械遣散。潮梅军总司令邹鲁急电军政府惩治沈鸿英，但在粤督的曲为庇护下，不了了之。孙中山对此极为愤懑。