短短二十天内，这已是宋慈第三次身陷囹圄了。
第一次他被关进了提刑司大狱，安然无事；第二次他被关进了司理狱，戴了一整天的重枷；这一次他仍是被投入了司理狱，却不再像前两次那般轻松。入狱的当天，他便被韦应奎以审问为由，押去了刑房。等他重新被押回牢狱时，身上的青衿服多处开裂，一道道带血的鞭痕触目惊心。
刘克庄和辛铁柱也被抓进了司理狱，两人被关押的牢狱离刑房不远，都目睹了宋慈出入刑房的全过程。眼见宋慈被鞭打得满身伤痕，刘克庄抓着牢门，冲韦应奎破口大骂。韦应奎一脸得意地冷笑，指使狱卒将刘克庄拽出牢狱，拖入刑房，同样打了一顿鞭子。他对宋慈和刘克庄恨入骨髓，如今这两人总算落入他的手中，当然要好好地折磨一番，方解心头之恨。赵师睪打过招呼，韩太师留这些人有用，不能伤及性命。韦应奎牢记在心，没有动用大刑，只拿鞭子鞭打。
司理狱中牢房众多，不只关押了宋慈、刘克庄和辛铁柱，此前被捕的欧阳严语、祁驼子和道济禅师等人也被关在这里，此外还有更早入狱的叶籁，以及被宋慈治罪下狱的韩?。韩?虽因杀人入狱，每日却被好吃好喝地伺候着，有狱卒专门打扫他的那间牢狱，还摆放了桌子和被褥供他起居，他在这地牢之中可谓是宾至如归。即便如此，他仍是满心愤恨，对出入的狱卒动辄破口大骂，时刻把宋慈的名字挂在嘴边，每天都会咒骂上好几十遍。如今见宋慈、刘克庄和辛铁柱都被关了进来，他大笑起来：“你们几个驴球的，是怕本公子寂寞，一个个地进来作陪？”宋慈被关押的牢狱与他相邻，他对宋慈极尽冷嘲热讽，吃饭之时拿着酒肉招摇，贴近宋慈的牢狱大吃大喝。自打宋慈等人被关入司理狱，韩?反倒没之前那么怨恨了，时不时便放声大笑，就连对待狱卒的态度都好转了不少。
宋慈对韩?却不予理睬，无论多么难听的讥讽和辱骂，他都是置若罔闻，甚至很少向韩?看上一眼。刘克庄被关押得稍远一些，但韩?嗓门大，辱骂宋慈的话，刘克庄听得一清二楚。宋慈对韩?置之不理，刘克庄却是忍不了，一听韩?开骂，立刻反唇相讥。韩?起初两天对着宋慈讥讽辱骂，到后面觉得宋慈跟木头似的，骂得再多再狠，全无反应，实在无趣得很，便转而与刘克庄隔空对骂。刘克庄遍身都是被鞭打的伤痕，狱中吃食也跟糟糠一般难以下咽，只被关了几天，便浑身提不起力气，但他骂起韩?来却是精神百倍，毫不示弱，有时叶籁也会帮腔几句，辛铁柱则是躺在牢狱里默不作声。每次隔空对骂，都以刘克庄被韦应奎抓去刑房，挨上一顿鞭打收场。但他回到牢狱后，只要稍稍缓过了疼痛，依旧与韩?对骂不止。
宋慈身在牢狱之中，大多时候都静静地坐着，困倦之时便倒头睡觉，很少开口说话。只有被押入刑房面对韦应奎时，他才会开口相劝，希望韦应奎身为司理参军，能仔细查验尸体，多加查访线索，早日抓到杀害韩絮的真凶。韦应奎只觉得好笑，说他这就是在追查真凶，每日都会鞭打宋慈，逼宋慈承认杀害韩絮的事实。每当此时，宋慈便不觉想起父亲。当年宋巩也曾身受诬陷，被关押在这司理狱中，时任司理参军的郭守业同样不去查案，只顾严刑逼迫宋巩认罪。想不到十五年过去了，司理参军早已换了人，当年父亲遭受的一切，竟还会在他的身上重演。他不肯屈从，哪怕每天身上的旧伤痕还未结痂，便又添加新伤痕。
宋慈在司理狱中一关便是整整半个月。在此期间，除了韦应奎和狱卒外，只有夏震来见过宋慈一次。当时夏震独自等在刑房，当宋慈被押进来后，夏震只问了宋慈一句“肯不肯把东西交出来”。宋慈说东西不在他那里，夏震也不多言，转身便离开了。此外没有任何人来见过宋慈，甚至没有任何官员来提审过他。至于刘克庄、辛铁柱和欧阳严语等人，明明是以谋刺太师的罪名被关押进来的，却同样不见官员前来提审，刘克庄和辛铁柱还会时不时地被拉去刑房受那鞭刑。宋慈知道韩侂胄这么做，无非是想拿这些人的生死来逼他就范，要他自行交出虫达留下的证据。可他根本就没有这个证据，如何交得出去？